สำหรับส่วนต่อขยายสายสีเขียว เดิมทีเป็นแผนที่อยู่ในความรับผิดชอบของกทม. สมัยที่นายอภิรักษ์ โกษะโยธิน เป็นผู้ว่าฯ กทม. ต่อมาเมื่อนายสมัคร สุนทรเวช เป็นนายกรัฐมนตรี ได้มีแนวคิดโอนโครงการทั้งสองสายดังกล่าวให้รัฐบาลดูแล เนื่องจากอ้างว่าเป็นโครงการขนาดใหญ่ และแนวสายทางจะต้องเชื่อมต่อไปยัง จังหวัดปริมณฑล ไม่ใช่อยู่เฉพาะในเขตกทม.เท่านั้น และกระทรวงคมนาคมสมัยนั้นคือ นายสันติ พร้อมพัฒน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคมเห็นว่า รฟม.เหมาะสมที่จะรับผิดชอบดำเนินโครงการดังกล่าว เพื่อให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติ (พ.ร.บ.) การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2543 และเรื่องได้ผ่านความเห็นชอบในสมัยรัฐบาลของนายสมชาย วงศ์สวัสดิ์ ซึ่งมีมติครม.เมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน 2551 เป็นต้นมา